مهرگیتی از ابتدای فعالیت خود به بحث کیفیت آموزش در مناطق کم‌برخوردار نیز اهمیت داده و با برگزاری کارگاه‌های آموزشی مختلف و برنامه‌های فرهنگی سعی در ارتقای کیفیت آموزش در این مناطق دارد. از جمله برنامه‌های مهرگیتی در این زمینه می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

• برگزاری کلاسها و کارگاههای آموزشی در حوزه‌های مختلف برای دانش‌آموزان
• برگزاری کارگاههای توانمندسازی و ارتقا کیفیت آموزش برای معلمان
• اجرای برنامه‌های فرهنگی و هنری (مثل شعروقصه) در مدارس مناطق کم‌برخوردار
• اجرای طرح با من بخوان در استان خراسان جنوبی
• اجرای طرح پشتیبان مهر (مشاوره تحصیلی رایگان) برای دانش‌آموزان