مهرگیتی از ابتدای فعالیت خود به بحث کیفیت آموزش در مناطق کم‌برخوردار نیز اهمیت داده و با برگزاری کارگاه‌های آموزشی مختلف و برنامه‌های فرهنگی سعی در ارتقای کیفیت آموزش در این مناطق دارد. از جمله برنامه‌های مهرگیتی در این زمینه می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

برگزاری کلاسها و کارگاههای آموزشی در حوزه‌های مختلف  برای دانش‌آموزان

 برگزاری کارگاههای توانمندسازی و ارتقا کیفیت آموزش برای معلمان

اجرای برنامه‌های فرهنگی و هنری (مثل شعروقصه) در مدارس مناطق کم‌برخوردار

اجرای طرح با من بخوان در استان خراسان جنوبی 

اجرای طرح پشتیبان مهر (مشاوره تحصیلی رایگان) برای دانش‌آموزان